JUICE is gepland om 35 flybys van de Joviaanse maan uit te voeren, maar de missie zal eindigen met het ruimtevaartuig dat zich in een cirkelvormige baan rond Ganymedes nestelt, waar het ongeveer zes maanden zal opereren en binnen ongeveer 500 km van zijn oppervlak zal komen. Door dit te doen, “zal Juice het eerste ruimtevaartuig zijn dat in een baan om een maan in het buitenste zonnestelsel draait”, zei ESA Beweringen. Het ruimteagentschap koos een goed doelwit, aangezien Ganymedes, de grootste maan in het zonnestelsel, de enige bekende maan is die een eigen magnetisch veld vertoont, waardoor het op unieke manieren in wisselwerking staat met de Joviaanse omgeving.